コマンドラインで
$ ./xlay -s structure.dat | ./spliner.pl | ./zxy.pl | gnuplot

spliner.plはスプライン補間をするスクリプトなので飛ばしても良い。
zxy.plは必須。
gnuplotは別になくても良いが、その際は別のファイルに記録しないとgnuplotマクロがあふれ出て端末を流しまくるのでノンレコメンド。