まずは例から。

\system{
Material(Be, 0.015, 1.848, 63.7, 8,4)

Particle(C22, 22, 6, 276.133)

Order(3)
}

最初の Material はそのまんま、物質を定義する文。引数は(string, double, double, IADJ, int, int).
第1引数は物質名で、ここで定義した物質を次のsequenceセクションで使うために必要となる。
以降の引数は順番に 厚さ[m], 密度[g/cm^3], イオン化エネルギー[eV], 質量数, 電荷数。

Particle文もまんま粒子定義の文である。
引数は(string, int, int, double).
第1引数はMaterial同様名前。
以降は順に 質量数, 原子番号, 核子1つあたりの運動エネルギー[Mev] 。

Order(int)は計算オーダーを決める文で、特に必要がない限りは常に3で良い。
というか飛ばしても良い。