HIMAC 実験
実験準備
- 172.27.230.254
- nebula01.rarfadv.riken.jp
- username: nebula, pass: あれ
- analogin debug
- 旧 nebula01 /etc/sysconifg/networking-scripts/ifcfg-eth0
# Realtek Semiconductor Co., Ltd.|RTL8111/8168B PCI Express Gigabit Ethernet controller DEVICE=eth0 ONBOOT=yes BOOTPROTO=dhcp HWADDR=6C:F0:49:50:85:70 DHCP_HOSTNAME=nebula01.rarfadv.riken.jp
Scientific Linux CERN 5.5 インストール
Install
- BIOS 起動画面で Del key を押し、BIOS 設定画面に行く。
- Integrated Peripherals
- SATA AHCI MODE を IDE から AHCI に変更
- F10 keyを押し SAVE して再起動
- Integrated Peripherals
- DVD を入れ、コンピュータを起動
- Scientific Linux CERN
- Enter を押すだけで、Graphical なインストールがスタート
- CD Found
- To begin testing the CD media before installation press OK. Choose Skip to skip the media test and start the installation.
- [Skip]
- To begin testing the CD media before installation press OK. Choose Skip to skip the media test and start the installation.
- 初めの画面
[Next] を選択。以下、[Next] は省略
- Language
- Japanese (日本語)
- キーボード
- 日本語
- パーティション設定
- カスタムレイアウトを作成します。
- ソフトウェア RAID を組む
- 以下のようなパーティションにした。
- ちなみに、BIOS の設定で AHCI を有効にしないと、/dev/sd* とならず、/dev/hd* となり、linux の動作がとても遅くなった。RAID の同期の問題か?
デバイス |
ファイルシステムタイプ |
容量(MB) |
開始シリンダ |
終了シリンダ |
/dev/hda1 |
software RAID |
101 |
1 |
13 |
/dev/hda2 |
software RAID |
4094 |
14 |
535 |
/dev/hda3 |
software RAID |
102406 |
536 |
13590 |
/dev/hda4 |
拡張領域 |
370334 |
13591 |
60801 |
/dev/hda5 |
software RAID |
370334 |
13591 |
60801 |
デバイス |
ファイルシステムタイプ |
容量(MB) |
開始シリンダ |
終了シリンダ |
/dev/sdb1 |
software RAID |
476937 |
1 |
60801 |
デバイス |
ファイルシステムタイプ |
容量(MB) |
開始シリンダ |
終了シリンダ |
/dev/sdc1 |
software RAID |
101 |
1 |
13 |
/dev/sdc2 |
software RAID |
4094 |
14 |
535 |
/dev/sdc3 |
software RAID |
102406 |
536 |
13590 |
/dev/sdc4 |
拡張領域 |
370334 |
13591 |
60801 |
/dev/sdc5 |
software RAID |
370334 |
13591 |
60801 |
マウントポイント |
ファイルシステムタイプ |
RAID デバイス(D) |
RAID レベル(L) |
RAID メンバー(R) |
スペア数(S) |
容量 |
/boot |
ext3 |
/dev/md0 |
RAID1 |
/dev/sda1, /dev/sdc1 |
0 |
101 |
|
swap |
/dev/md1 |
RAID1 |
/dev/sda2, /dev/sdc2 |
0 |
4094 |
/ |
ext3 |
/dev/md2 |
RAID1 |
/dev/sda3, /dev/sdc3 |
0 |
102406 |
/home |
ext3 |
/dev/md3 |
RAID1 |
/dev/sda5, /dev/sdc5 |
0 |
370334 |
/ridf |
ext3 |
/dev/md4 |
RAID1 |
/dev/sdb1, /dev/sdd1 |
0 |
476937 |
- ブートローダ関係は変更なし
- ● GRUB ブートローダは、/dev/md0 上にインストールされます。
- ○ ブートローダはインストールされません。
- [v] Scientific Linux CERN /dev/md2
[ ] ブートローダパスワードを使用(U)
[ ] 高度なブートローダオプションの設定(O)
- ネットワーク設定も変更なし。まずは DHCP で接続。
- 起動時にアクティブ: checked, デバイス: eth0, IPv4/ネットマスク: DHCP, IPv6 /プレフィックス:Auto。
- ホスト名, ホスト名を設定: 「DHCP経由で自動設定(A)」にチェック
- 時刻
- アジア/東京
- [v] システムクロックでUTCを使用(S)
- Root パスワード設定
- インストールするソフトウェア
- additional tasks
- [ ] サーバー
- [ ] 仮想化
- [ ] クラスタリング
- [ ] ストレージクラスタリング
- 追加リポジトリ
- [v] Scientific Linux CERN Extras
- [v] Scientific Linux CERN Updates
- [ ] Scientific Linux CERN OnlyCERN
- 「後でカスタマイズする(I)」にチェック
- NOTE:
- ここでは、依存関係の問題が起きにくくなるように、パッケージのカスタマイズをなるべく避けた。
- additional tasks
- 確認画面
- [次] をクリックするとScientific Linux CERN. のインストールを開始します。
- インストール作業の完全なログは、システムを再起動した後に /root/install.logファイルの中で見ることが出来ます。
- 選択したインストールオプションを含むキックスタートファイルは、システムの再起動後、/rootanaconda-ks.cfgファイルの中にあります。
- 最終画面
- おめでとうございます。インストールが完了しました。
- インストール時に使用したメディアをすべて取り出してから、"再起動"ボタンを押してシステムを再起動してください。
再起動後
- ようこそ
- ファイアウォール
- ファイアウォール: 無効
- SELinuxrootyum
- SELinux設定: 無効
- Kdump (追加リポジトリとして、Extras, Updates を選択した場合、または、ネットワークを切って additional tasks でサーバーを選択した場合、この画面が出る。)
[v] kdump を有効にしますか (E) ?
合計システムメモリー (MB) (T): 2025
Kdump メモリー(MB) (K): 128
使用可能システムメモリー(MB) (U): 1897.
- 日付と時刻
- ネットワークタイムプロトコルタブ
- ネットワークタイムプロトコル (ntp) を有効にする (E)
- ntp.nict.jp を追加
- 高度なオプションはデフォルト。
- 「サービス開始前にシステムクロックを同期する (S)」にチェック無し。
- 「ローカルタイムソースを使用 (L)」にチェック有り。
- ネットワークタイムプロトコル (ntp) を有効にする (E)
- ネットワークタイムプロトコルタブ
- サウンドカード
- 選択したカード
- ベンダー: Intel Corporation
- モデル: 82801JI (ICH10 Family) HD Audio Controller
- モジュール: snd-hda-intel
サウンドテスト -> ?
- デバイス設定
- PCMデバイス: ALC888 Analog
- 選択したカード
- CERN customization
- ○ Yes, customize my system for CERN
- ● No, I will do setup myself
- ○ Enable automatic system updates
- ● Enable automatic check for updates
- 再起動
- ようこそ
- root user でログイン
ログイン後
RAID で設定が必要らしい。 参考: ソフトウェアRAID1(ミラーリング)設定方法 (Fedora 7) (Fedora,CentOS)
# grub grub> root (hd0,0) grub> setup (hd0) grub> root (hd2,0) grub> setup (hd2) grub> quit
- hostname 設定
$ su # system-config-network &
- DNS (N) タブのホスト名を nebula01 にする
ファイル -> 保存
system-config-network: 変更を保存しました。ネットワークとネットワークサービスの再起 動、又はコンピュータの再起動ができます。 [ OK ]
- nebula アカウントのデータをコピー
$ su # dmesg ~~ usb 2-1: new high speed USB device using ehci_hcd and address 3 usb 2-1: configuration #1 chosen from 1 choice scsi7 : SCSI emulation for USB Mass Storage devices usb-storage: device found at 3 usb-storage: waiting for device to settle before scanning Vendor: Hitachi Model: HDS721025CLA382 Rev: JP1O Type: Direct-Access ANSI SCSI revision: 05 SCSI device sde: 488397168 512-byte hdwr sectors (250059 MB) sde: Write Protect is off sde: Mode Sense: 17 00 00 08 sde: assuming drive cache: write through SCSI device sde: 488397168 512-byte hdwr sectors (250059 MB) sde: Write Protect is off sde: Mode Sense: 17 00 00 08 sde: assuming drive cache: write through sde: sde1 sde2 sde3 sd 7:0:0:0: Attached scsi disk sde sd 7:0:0:0: Attached scsi generic sg5 type 0 usb-storage: device scan complete ~~ # mount /dev/sde2 /mnt # rsync -avn --exclude="/exp/test-20100924/rdf/*.rdf" /mnt/home/nebula/ /home/nebula/ # rsync -av --exclude="/exp/test-20100924/rdf/*.rdf" /mnt/home/nebula/ /home/nebula/ # exit $
- yum でさまざまなパッケージをインストール
- まずは、インストールできる group を確認し、 "開発ライブラリ"をインストール。
# yum grouplist # yum groupinstall "開発ライブラリ" ================================================================================ Package Arch Version Repository Size ================================================================================ Installing: boost-devel i386 1.33.1-10.el5 slc5-os 4.2 M bzip2-devel i386 1.0.3-6.el5_5 slc5-os 39 k coolkey-devel i386 1.1.0-15.el5 slc5-os 17 k curl-devel i386 7.15.5-9.el5_6.2 slc5-os 309 k cyrus-sasl-devel i386 2.1.22-5.el5_4.3 slc5-os 1.3 M db4-devel i386 4.3.29-10.el5_5.2 slc5-os 2.0 M dbus-devel i386 1.1.2-15.el5_6 slc5-updates 1.4 M expat-devel i386 1.95.8-8.3.el5_5.3 slc5-os 132 k gdbm-devel i386 1.8.0-26.2.1 slc5-os 37 k gmp-devel i386 4.1.4-10.el5 slc5-os 522 k gpm-devel i386 1.20.1-74.1 slc5-os 26 k hesiod-devel i386 3.1.0-8 slc5-os 22 k krb5-devel i386 1.6.1-55.el5_6.1 slc5-updates 1.8 M kudzu-devel i386 1.2.57.1.26-1 slc5-os 132 k libacl-devel i386 2.2.39-6.el5 slc5-os 82 k libattr-devel i386 2.4.32-1.1 slc5-os 33 k libcap-devel i386 1.10-26 slc5-os 16 k libogg-devel i386 2:1.1.3-3.el5 slc5-os 73 k libselinux-devel i386 1.33.4-5.7.el5 slc5-os 145 k libtermcap-devel i386 2.0.8-46.1 slc5-os 55 k libusb-devel i386 0.1.12-5.1 slc5-os 95 k libuser-devel i386 0.54.7-2.1.el5_5.2 slc5-os 56 k libvorbis-devel i386 1:1.1.2-3.el5_4.4 slc5-os 542 k libxml2-devel i386 2.6.26-2.1.2.8.el5_5.1 slc5-os 2.1 M lockdev-devel i386 1.0.1-10 slc5-os 15 k log4cpp i386 1.0-9.el5 slc5-os 199 k ncurses-devel i386 5.5-24.20060715 slc5-os 1.6 M newt-devel i386 0.52.2-15.el5 slc5-os 90 k newt-perl i386 1.08-9.2.2 slc5-os 78 k openldap-devel i386 2.3.43-12.el5_6.7 slc5-updates 1.5 M openssl-devel i386 0.9.8e-12.el5_5.7 slc5-os 1.9 M pam-devel i386 0.99.6.2-6.el5_5.2 slc5-os 190 k pciutils-devel i386 3.1.7-3.el5 slc5-os 53 k pcsc-lite-devel i386 1.4.4-4.el5_5 slc5-os 16 k python-devel i386 2.4.3-43.el5 slc5-os 3.0 M readline-devel i386 5.1-3.el5 slc5-os 145 k rpm-devel i386 4.4.2.3-22.el5 slc5-os 1.2 M slang-devel i386 2.0.6-4.el5 slc5-os 533 k xmlsec1-devel i386 1.2.9-8.1.1 slc5-os 662 k xulrunner-devel i386 1.9.2.15-2.el5_6 slc5-updates 4.2 M Installing for dependencies: GConf2-devel i386 2.14.0-9.el5 slc5-os 93 k ORBit2-devel i386 2.14.3-5.el5 slc5-os 377 k atk-devel i386 1.12.2-1.fc6 slc5-os 125 k audiofile-devel i386 1:0.2.6-5 slc5-os 15 k boost i386 1.33.1-10.el5 slc5-os 859 k cairo-devel i386 1.2.4-5.el5 slc5-os 130 k dbus-glib-devel i386 0.73-10.el5_5 slc5-os 37 k e2fsprogs-devel i386 1.39-23.el5_5.1 slc5-os 187 k elfutils-libelf-devel i386 0.137-3.el5 slc5-os 24 k elfutils-libelf-devel-static i386 0.137-3.el5 slc5-os 64 k esound-devel i386 1:0.2.36-3 slc5-os 32 k glib2-devel i386 2.12.3-4.el5_3.1 slc5-os 1.2 M gnome-keyring-devel i386 0.6.0-1.fc6 slc5-os 25 k gnome-vfs2-devel i386 2.16.2-8.el5 slc5-updates 437 k gtk2-devel i386 2.10.4-21.el5_5.6 slc5-os 2.8 M hal-devel i386 0.5.8.1-62.el5 slc5-os 33 k keyutils-libs-devel i386 1.2-1.el5 slc5-os 27 k libIDL-devel i386 0.8.7-1.fc6 slc5-os 18 k libXi-devel i386 1.0.1-4.el5_4 slc5-os 52 k libXinerama-devel i386 1.0.1-2.1 slc5-os 5.1 k libart_lgpl-devel i386 2.3.17-4 slc5-os 21 k libbonobo-devel i386 2.16.0-1.1.el5_5.1 slc5-os 502 k libbonoboui-devel i386 2.16.0-1.fc6 slc5-os 197 k libgcrypt-devel i386 1.4.4-5.el5 slc5-os 395 k libglade2-devel i386 2.6.0-2 slc5-os 90 k libgnome-devel i386 2.16.0-6.el5 slc5-os 73 k libgnomecanvas-devel i386 2.14.0-4.1 slc5-os 75 k libgnomeui-devel i386 2.16.0-5.el5 slc5-os 295 k libgpg-error-devel i386 1.4-2 slc5-os 17 k libidn-devel i386 0.6.5-1.1 slc5-os 239 k libnotify-devel i386 0.4.2-6.el5 slc5-os 19 k libsepol-devel i386 1.15.2-3.el5 slc5-os 187 k libxslt-devel i386 1.1.17-2.el5_2.2 slc5-os 295 k nspr-devel i386 4.8.6-1.el5 slc5-os 113 k nss-devel i386 3.12.8-1.el5 slc5-os 235 k pango-devel i386 1.14.9-8.el5_6.2 slc5-os 277 k sqlite-devel i386 3.3.6-5 slc5-os 258 k startup-notification-devel i386 0.8-4.1 slc5-os 8.5 k xmlsec1 i386 1.2.9-8.1.1 slc5-os 174 k Transaction Summary ================================================================================ Install 79 Package(s) Upgrade 0 Package(s)
- cernlib (g77 でコンパイル?), gcc-34-c++, gcc-34-g77 をインストール
# yum install compat-gcc-34-c++ compat-gcc-34-g77 cernlib-g77 ~~~ ================================================================================ Package Arch Version Repository Size ================================================================================ Installing: cernlib-g77 i386 2006-27.el5 epel 20 M compat-gcc-34-c++ i386 3.4.6-4.1 slc5-os 11 M compat-gcc-34-g77 i386 3.4.6-4.1 slc5-os 2.1 M Installing for dependencies: blas i386 3.0-38.el5 slc5-updates 320 k compat-gcc-34 i386 3.4.6-4.1 slc5-os 4.0 M compat-libf2c-34 i386 3.4.6-4.1 slc5-os 52 k lapack i386 3.0-38.el5 slc5-updates 3.4 M xbae i386 4.60.4-8.el5 epel 158 k Transaction Summary ================================================================================ Install 8 Package(s) Upgrade 0 Package(s) # cd /usr/lib # ln -s liblapack.so.3 liblapack.so # ln -s libblas.so.3 libblas.so # ln -s libstdc++.so.6 libstdc++.so # cd /usr/lib/cernlib/2006-g77/lib # for str in *so.?;do ln -s $str ${str%.?} ;done
- apache, php をインストール
========================================================================================================================= Package Arch Version Repository Size ========================================================================================================================= Installing: httpd i386 2.2.3-45.el5 slc5-os 1.2 M php i386 5.1.6-27.el5_5.3 slc5-os 2.3 M Installing for dependencies: php-cli i386 5.1.6-27.el5_5.3 slc5-os 2.1 M php-common i386 5.1.6-27.el5_5.3 slc5-os 153 k Transaction Summary ========================================================================================================================= Install 4 Package(s) Upgrade 0 Package(s)
- apache を自動で起動するようにする
# /sbin/chkconfig httpd on
ユーザーごとにホームページを持てるように、/etc/httpd/conf/httpd.conf を以下のように編集。参考 : ユーザ毎にホームページを公開
<IfModule mod_userdir.c> # # UserDir is disabled by default since it can confirm the presence # of a username on the system (depending on home directory # permissions). # #UserDir disable # # To enable requests to /~user/ to serve the user's public_html # directory, remove the "UserDir disable" line above, and uncomment # the following line instead: # UserDir public_html </IfModule>
- apache 再起動
# /etc/init.d/httpd restart
- ユーザーのホームディレクトリのパーミッションを drwx--x--x にして、public_html ディレクトリを作成。
$ cd $ chmod 711 nebula $ cd nebula $ mkdir public_html $ cd public_html $ echo aa > index.html
http://localhost/~nebula にアクセスして、"aa" と見えるか確認。
- ruby インストール
================================================================================ Package Arch Version Repository Size ================================================================================ Installing: ruby i386 1.8.5-5.el5_4.8 slc5-os 278 k Installing for dependencies: ruby-libs i386 1.8.5-5.el5_4.8 slc5-os 1.6 M Transaction Summary ================================================================================ Install 2 Package(s) Upgrade 0 Package(s)
ruby の CGI を動かす。参考: http://d.hatena.ne.jp/shunsuk/20080318/1205842317
- /etc/httpd/conf/httpd.conf を以下のように変更。
~~~ 370 行付近 <Directory /home/*/public_html> Options ExecCGI </Directory> ~~~ ~~~ 779 行付近 AddHandler cgi-script .cgi .rb ~~~
- ruby の cgi のパーミッションは -rwxr-xr-x。実行権限がないと、"Internal Server Error"