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Scientific Linux

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リンク

Scientific Linux CERN 5.5 インストール

Install DVD (iso 4.2 GB)

iso ファイルを焼く

  • Windows 7 では特別なソフトがなくても iso イメージを DVD-R に焼けるので、それで焼いた。
    • iso ファイルを右クリックし、プログラムから開く(H) > Windows ディスク イメージ書き込みツール を選択

    • ディスクイメージファイルと書き込み用ドライブが正しいかチェックし、[書き込み(B)] ボタンを押す

Install

  • DVD を入れ、コンピュータを起動
  • Scientific Linux CERN
    • Enter を押すだけで、Graphical なインストールがスタート
  • CD Found
    • To begin testing the CD media before installation press OK. Choose Skip to skip the media test and start the installation.
      • [OK] [Skip] -> [OK] -> [Test] -> [OK] -> [Continue] を選択

      • [Skip] でもいいかも?
  • 初めの画面
    • [Next] を選択。以下、[Next] は省略

  • Language
    • Japanese (日本語)
  • キーボード
    • 英語 (アメリカ合衆国)
    • 英語 (U.S. インターナショナル) だとダメかも?
  • パーティション設定
    • カスタムレイアウトを作成します。
  • ソフトウェア RAID を組む

デバイス

ファイルシステムタイプ

容量(MB)

開始シリンダ

終了シリンダ

/dev/sda1

software RAID

101

1

13

/dev/sda2

software RAID

4094

14

535

/dev/sda3

software RAID

949670

536

121601

  •  

    • [RAID(A)] ボタンを押し、"RAID デバイスを作成するためにドライブのクローンを作成します [default=/dev/md0](D)" を選択し [OK(O)]

    • ソースドライブ : sda, ターゲットドライブ: sdb とし [OK(O)]

    • /dev/sdb のデータが消失するという警告が出るが [クローンドライブ] ボタンを押す
    • /dev/sdb に /dev/sda と同じテーブルが作成される

デバイス

ファイルシステムタイプ

容量(MB)

開始シリンダ

終了シリンダ

/dev/sdb1

software RAID

101

1

13

/dev/sdb2

software RAID

4094

14

535

/dev/sdb3

software RAID

949670

536

121601

  •  

    • [RAID(A)] ボタンを押し、"RAID デバイスを作成します [default=/dev/md0](D)" を選択し [OK(O)] で RAID デバイスが作成できる。

    • 設定項目は以下の通り

マウントポイント

ファイルシステムタイプ

RAID デバイス(D)

RAID レベル(L)

RAID メンバー(R)

スペア数(S)

容量

/boot

ext3

md0

RAID1

/dev/sda1, /dev/sdb1

0

101

swap

md1

RAID1

/dev/sda2, /dev/sdb2

0

4094

/

ext3

md2

RAID1

/dev/sda3, /dev/sdb3

0

949670

  • NOTE : 今回は home のパーティションは区切らなかった。パーティションを区切る利点としては、 df コマンドで使用量がすぐわかる、Linux 本体の変更が容易といった利点がある。
  1. ブートローダ関係は変更なし
    • ● GRUB ブートローダは、/dev/md0 上にインストールされます。
    • ○ ブートローダはインストールされません。
    • [v] Scientific Linux CERN /dev/md2
    • [ ] ブートローダパスワードを使用(U)

    • [ ] 高度なブートローダオプションの設定(O)

  2. ネットワーク設定も変更なし。まずは DHCP で接続。
    • 起動時にアクティブ: checked, デバイス: eth0, IPv4/ネットマスク: DHCP, IPv6 /プレフィックス:Auto。
    • ホスト名, ホスト名を設定: 「DHCP経由で自動設定(A)」にチェック
  3. 時刻
    • アジア/東京
    • [v] システムクロックでUTCを使用(S)
  4. Root パスワード設定
  5. インストールするソフトウェア
    • additional tasks
      • [ ] サーバー
      • [ ] 仮想化
      • [ ] クラスタリング
      • [ ] ストレージクラスタリング
    • 追加リポジトリ
      • [v] Scientific Linux CERN Extras
      • [v] Scientific Linux CERN Updates
      • [ ] Scientific Linux CERN OnlyCERN
    • 「後でカスタマイズする(I)」にチェック
    • NOTE:
      • ここでは、パッケージのカスタマイズをなるべく避け、最小限の構成にするのがよいかも。依存関係などの問題でパッケージのインストール中に止まり、インストール作業を最初からやり直す事になる恐れがあるため。ちなみに、Extras, Updates を選択肢、サーバーを選択するとインストールに失敗するかも。ネットワークを接続せず、Extras, Updates を選択しなければ(ネットワークがつながってないので選択できない)、サーバーを選択してもインストールできた。
      • OnlyCERN は CERN のネットワーク内のみ有効?
      • 追加リホジトリを設定する場合、ネットワークインターフェイスを有効にするかを聞かれるので、以下のように設定し、[OK(O)] を押す

        • インターフェイス (I) : eth0 - Realtek Semiconductor Co., Ltd. RTL8111/8168B PCI Express Gigabit Ethernet controller

        • [v] 動的 IP 設定を使用する (DHCP)
        • [v] IPv4 サポートを有効にする (4)

      • 追加リポジトリを設定しなくても、インストール後、リポジトリを確認すると、slc5-updates, slc5-extras が入っている。なんで?ネットワークを切ってインストールしても、slc5-updates, slc5-extras が入る。

  • 確認画面
    • [次] をクリックするとScientific Linux CERN. のインストールを開始します。
    • インストール作業の完全なログは、システムを再起動した後に /root/install.logファイルの中で見ることが出来ます。
    • 選択したインストールオプションを含むキックスタートファイルは、システムの再起動後、/rootanaconda-ks.cfgファイルの中にあります。
  • 最終画面
    • おめでとうございます。インストールが完了しました。
    • インストール時に使用したメディアをすべて取り出してから、"再起動"ボタンを押してシステムを再起動してください。

再起動

  • 起動の途中で止まるので、何度か再起動
    • YUM アップデートのパッケージが多いと、途中で止まる?
    • Ctrl+Alt+F1 の後、Crtl+Alt+Del で再起動できた
    • gnome-screensaver i386 2.16.1-8.el5_5.2
      rpm-python
      /user/bin/tee: 標準出力: リソースが一時的に利用できません
    • glibic headers i386 2.5.49.el5_5.7  : リソースが一時的に利用できません

再起動後

  1. ようこそ
  2. ファイアウォール
    • ファイアウォール: 有効
    • SSH
    • Samba (no default)
  3. SELinuxrootyum
    • SELinux設定: Enforcing
  4. Kdump (追加リポジトリとして、Extras, Updates を選択した場合、または、ネットワークを切って additional tasks でサーバーを選択した場合、この画面が出る。)
    • [v] kdump を有効にしますか (E) ?

      • 合計システムメモリー (MB) (T): 4044

      • Kdump メモリー(MB) (K): 128

      • 使用可能システムメモリー(MB) (U): 3916ntp1.

  5. 日付と時刻
    • ネットワークタイムプロトコルタブ
      • ネットワークタイムプロトコル (ntp) を有効にする (E)
        • ntp1.noc.titech.ac.jp を追加
      • 高度なオプションはデフォルト。
        • 「サービス開始前にシステムクロックを同期する (S)」にチェック無し。
        • 「ローカルタイムソースを使用 (L)」にチェック有り。
  6. サウンドカード
    • 選択したカード
      • ベンダー: Intel Corporation
      • モデル: 5 Series/3400 Series Chipset High Definition Audio
      • モジュール: snd-hda-intel
    • サウンドテスト -> OK

    • デバイス設定
      • PCMデバイス: HDA Generic

  1. CERN customization
    • ○ Yes, customize my system for CERN
    • ● No, I will do setup myself
      • ○ Enable automatic system updates
      • ● Enable automatic check for updates
  2. 再起動
  3. ようこそ
    • root user でログイン

ログイン後

  • RAID で設定が必要らしい。 参考: ソフトウェアRAID1(ミラーリング)設定方法 (Fedora 7) (Fedora,CentOS)

  • # grub
    grub> root (hd0,0)
    grub> setup (hd0)
    grub> root (hd1,0)
    grub> setup (hd1)
    grub> quit
  • yum でさまざまなパッケージをインストール
  • まずは、インストールできる group を確認し、 "開発ライブラリ"をインストール。
  • # yum grouplist
    # yum groupinstall "開発ライブラリ"
    
    ================================================================================
     Package                      Arch Version                   Repository    Size
    ================================================================================
    Installing:
     boost-devel                  i386 1.33.1-10.el5             slc5-os      4.2 M
     bzip2-devel                  i386 1.0.3-6.el5_5             slc5-updates  39 k
     coolkey-devel                i386 1.1.0-15.el5              slc5-updates  17 k
     curl-devel                   i386 7.15.5-9.el5              slc5-os      308 k
     cyrus-sasl-devel             i386 2.1.22-5.el5_4.3          slc5-os      1.3 M
     db4-devel                    i386 4.3.29-10.el5_5.2         slc5-updates 2.0 M
     dbus-devel                   i386 1.1.2-14.el5              slc5-os      1.4 M
     expat-devel                  i386 1.95.8-8.3.el5_5.3        slc5-updates 132 k
     gdbm-devel                   i386 1.8.0-26.2.1              slc5-os       37 k
     gmp-devel                    i386 4.1.4-10.el5              slc5-os      522 k
     gpm-devel                    i386 1.20.1-74.1               slc5-os       26 k
     hesiod-devel                 i386 3.1.0-8                   slc5-os       22 k
     krb5-devel                   i386 1.6.1-55.el5              slc5-updates 1.8 M
     kudzu-devel                  i386 1.2.57.1.26-1             slc5-updates 132 k
     libacl-devel                 i386 2.2.39-6.el5              slc5-os       82 k
     libattr-devel                i386 2.4.32-1.1                slc5-os       33 k
     libcap-devel                 i386 1.10-26                   slc5-os       16 k
     libogg-devel                 i386 2:1.1.3-3.el5             slc5-os       73 k
     libselinux-devel             i386 1.33.4-5.7.el5            slc5-updates 145 k
     libtermcap-devel             i386 2.0.8-46.1                slc5-os       55 k
     libusb-devel                 i386 0.1.12-5.1                slc5-os       95 k
     libuser-devel                i386 0.54.7-2.1.el5_5.2        slc5-updates  56 k
     libvorbis-devel              i386 1:1.1.2-3.el5_4.4         slc5-os      542 k
     libxml2-devel                i386 2.6.26-2.1.2.8.el5_5.1    slc5-updates 2.1 M
     lockdev-devel                i386 1.0.1-10                  slc5-os       15 k
     log4cpp                      i386 1.0-9.el5                 slc5-os      199 k
     ncurses-devel                i386 5.5-24.20060715           slc5-os      1.6 M
     newt-devel                   i386 0.52.2-15.el5             slc5-os       90 k
     newt-perl                    i386 1.08-9.2.2                slc5-os       78 k
     openldap-devel               i386 2.3.43-12.el5_5.3         slc5-updates 1.5 M
     openssl-devel                i386 0.9.8e-12.el5_5.7         slc5-updates 1.9 M
     pam-devel                    i386 0.99.6.2-6.el5_5.2        slc5-updates 190 k
     pciutils-devel               i386 3.1.7-3.el5               slc5-updates  53 k
     pcsc-lite-devel              i386 1.4.4-4.el5_5             slc5-updates  16 k
     python-devel                 i386 2.4.3-43.el5              slc5-updates 3.0 M
     readline-devel               i386 5.1-3.el5                 slc5-os      145 k
     rpm-devel                    i386 4.4.2.3-22.el5            slc5-updates 1.2 M
     slang-devel                  i386 2.0.6-4.el5               slc5-os      533 k
     xmlsec1-devel                i386 1.2.9-8.1.1               slc5-os      662 k
     xulrunner-devel              i386 1.9.2.13-3.el5            slc5-updates 4.2 M
    Installing for dependencies:
     GConf2-devel                 i386 2.14.0-9.el5              slc5-os       93 k
     ORBit2-devel                 i386 2.14.3-5.el5              slc5-os      377 k
     atk-devel                    i386 1.12.2-1.fc6              slc5-os      125 k
     audiofile-devel              i386 1:0.2.6-5                 slc5-os       15 k
     boost                        i386 1.33.1-10.el5             slc5-os      859 k
     cairo-devel                  i386 1.2.4-5.el5               slc5-os      130 k
     dbus-glib-devel              i386 0.73-10.el5_5             slc5-updates  37 k
     e2fsprogs-devel              i386 1.39-23.el5_5.1           slc5-updates 187 k
     elfutils-libelf-devel        i386 0.137-3.el5               slc5-os       24 k
     elfutils-libelf-devel-static i386 0.137-3.el5               slc5-os       64 k
     esound-devel                 i386 1:0.2.36-3                slc5-os       32 k
     glib2-devel                  i386 2.12.3-4.el5_3.1          slc5-os      1.2 M
     gnome-keyring-devel          i386 0.6.0-1.fc6               slc5-os       25 k
     gnome-vfs2-devel             i386 2.16.2-6.el5_5.1          slc5-updates 436 k
     gtk2-devel                   i386 2.10.4-21.el5_5.6         slc5-updates 2.8 M
     hal-devel                    i386 0.5.8.1-62.el5            slc5-updates  33 k
     keyutils-libs-devel          i386 1.2-1.el5                 slc5-os       27 k
     libIDL-devel                 i386 0.8.7-1.fc6               slc5-os       18 k
     libXi-devel                  i386 1.0.1-4.el5_4             slc5-os       52 k
     libXinerama-devel            i386 1.0.1-2.1                 slc5-os      5.1 k
     libart_lgpl-devel            i386 2.3.17-4                  slc5-os       21 k
     libbonobo-devel              i386 2.16.0-1.1.el5_5.1        slc5-updates 502 k
     libbonoboui-devel            i386 2.16.0-1.fc6              slc5-os      197 k
     libgcrypt-devel              i386 1.4.4-5.el5               slc5-os      395 k
     libglade2-devel              i386 2.6.0-2                   slc5-os       90 k
     libgnome-devel               i386 2.16.0-6.el5              slc5-os       73 k
     libgnomecanvas-devel         i386 2.14.0-4.1                slc5-os       75 k
     libgnomeui-devel             i386 2.16.0-5.el5              slc5-os      295 k
     libgpg-error-devel           i386 1.4-2                     slc5-os       17 k
     libidn-devel                 i386 0.6.5-1.1                 slc5-os      239 k
     libnotify-devel              i386 0.4.2-6.el5               slc5-os       19 k
     libsepol-devel               i386 1.15.2-3.el5              slc5-os      187 k
     libxslt-devel                i386 1.1.17-2.el5_2.2          slc5-os      295 k
     nspr-devel                   i386 4.8.6-1.el5               slc5-updates 113 k
     nss-devel                    i386 3.12.8-1.el5              slc5-updates 235 k
     pango-devel                  i386 1.14.9-8.el5              slc5-os      277 k
     sqlite-devel                 i386 3.3.6-5                   slc5-os      258 k
     startup-notification-devel   i386 0.8-4.1                   slc5-os      8.5 k
     xmlsec1                      i386 1.2.9-8.1.1               slc5-os      174 k
    
    Transaction Summary
    ================================================================================
    
  • cernlib, g77 をインストール。
    • # yum install cernlib-g77 compat-gcc-34-g77 
      ~~~
      ================================================================================
       Package                 Arch       Version            Repository          Size
      ================================================================================
      Installing:
       cernlib-g77             i386       2006-27.el5        epel                20 M
       compat-gcc-34-g77       i386       3.4.6-4.1          slc5-updates       2.1 M
      Installing for dependencies:
       blas                    i386       3.0-37.el5         slc5-os            321 k
       compat-gcc-34           i386       3.4.6-4.1          slc5-updates       4.0 M
       compat-libf2c-34        i386       3.4.6-4.1          slc5-updates        52 k
       lapack                  i386       3.0-37.el5         slc5-os            3.4 M
       xbae                    i386       4.60.4-8.el5       epel               158 k
      
      Transaction Summary
      ================================================================================
    • これで、 /usr/lib/cernlib/2006-g77/lib にインストールされる。
    • libpawlib.so.2 というような名前でインストールされるので、以下のコマンドで libpawlib.so からリンクをはった。
    • for str in *so.?;do ln -s $str ${str%.?} ;done
    • これは、以下のコマンドを実行している。
    • ln -s libcojets.so.2 libcojets.so
      ln -s libeurodec.so.1 libeurodec.so
      ln -s libgeant321.so.2 libgeant321.so
      ln -s libgrafX11.so.1 libgrafX11.so
      ln -s libgraflib.so.1 libgraflib.so
      ln -s libherwig59.so.2 libherwig59.so
      ln -s libisajet758.so.2 libisajet758.so
      ln -s libkernlib.so.1 libkernlib.so
      ln -s libmathlib.so.2 libmathlib.so
      ln -s libpacklib-lesstif.so.1 libpacklib-lesstif.so
      ln -s libpacklib.so.1 libpacklib.so
      ln -s libpawlib-lesstif.so.3 libpawlib-lesstif.so
      ln -s libpawlib.so.2 libpawlib.so
      ln -s libpdflib804.so.2 libpdflib804.so
      ln -s libphotos202.so.1 libphotos202.so
      ln -s libphtools.so.2 libphtools.so
    • さらに、以下のリンクをはった。
    • $ cd /usr/lib
      $ ln -s liblapack.so.3 liblapack.so
      $ ln -s libblas.so.3 libblas.so
      $ ln -s libstdc++.so.6 libstdc++.so
    • $HOME/src/anapaw/Setup/setupanapaw.ribf055 内で以下の変更をした。
    • setenv CERNLIB /cern/pro/lib
      ↓
      setenv CERNLIB /usr/lib/cernlib/2006-g77/lib
    • /home/kobahe/exp/dayone/users/koba/setlocal 内で CPU の4コアを使って makelib, makeana をするようにした。(隆己君に感謝)
    • alias makelib 'make -C $ANAPAW_SOURCE clean;make -C $ANAPAW_SOURCE;make -C $ANAPAW_SOURCE install'
      alias makeana 'make -C $USER_SOURCE clean;make -C $USER_SOURCE'
      ↓
      alias makelib 'make -C $ANAPAW_SOURCE clean;make -j4 -C $ANAPAW_SOURCE;make -C $ANAPAW_SOURCE install'
      alias makeana 'make -C $USER_SOURCE clean;make -j4 -C $USER_SOURCE'
  • compat-gcc-34-c++ インストール。
  • ====================================================================================
     Package                  Arch        Version             Repository           Size
    ====================================================================================
    Installing:
     compat-gcc-34-c++        i386        3.4.6-4.1           slc5-updates         11 M
    
    Transaction Summary
    ====================================================================================
  • gcc44, gcc44-c++ インストール。
  • ================================================================================
     Package                 Arch       Version            Repository          Size
    ================================================================================
    Installing:
     gcc44                   i386       4.4.4-13.el5       slc5-updates       9.5 M
     gcc44-c++               i386       4.4.4-13.el5       slc5-updates       4.6 M
    Installing for dependencies:
     libstdc++44-devel       i386       4.4.4-13.el5       slc5-updates       4.0 M
    
    Transaction Summary
    ================================================================================
  • freeglut-devel インストール。
  • ================================================================================
     Package               Arch        Version                 Repository      Size
    ================================================================================
    Installing:
     freeglut-devel        i386        2.4.0-7.1.el5           slc5-os         98 k
    
    Transaction Summary
    ================================================================================
  • openmotif-devel インストール。
  • ================================================================================
     Package              Arch      Version                 Repository         Size
    ================================================================================
    Installing:
     openmotif-devel      i386      2.3.1-5.el5_5.1         slc5-updates      2.9 M
    Installing for dependencies:
     libXp-devel          i386      1.0.0-8.1.el5           slc5-os            15 k
    
    Transaction Summary
    ================================================================================
  • openoffice.org-langpack-ja_JP インストール。
  • # yum install openoffice.org-langpack-ja_JP
    ================================================================================
     Package                          Arch    Version              Repository  Size
    ================================================================================
    Installing:
     openoffice.org-langpack-ja_JP    i386    1:3.1.1-19.5.el5     slc5-os     18 M
    
    Transaction Summary
    ================================================================================
  • gftp インストール。 curlftpfs というパッケージもあるようだが、kernel のインストールも要求された為、やめた。
  • # yum install gftp
    ================================================================================
     Package        Arch           Version                  Repository         Size
    ================================================================================
    Installing:
     gftp           i386           1:2.0.18-3.2.2           slc5-os           939 k
    
    Transaction Summary
    ================================================================================
    • pygtk2-devel
    • ================================================================================
       Package                 Arch        Version               Repository      Size
      ================================================================================
      Installing:
       pygtk2-devel            i386        2.10.1-12.el5         slc5-os        1.1 M
      Installing for dependencies:
       pycairo-devel           i386        1.2.0-1.1             slc5-os        5.2 k
       pygobject2-devel        i386        2.12.1-5.el5          slc5-os        7.5 k
       pygobject2-doc          i386        2.12.1-5.el5          slc5-os         39 k
       pygtk2-codegen          i386        2.10.1-12.el5         slc5-os        166 k
      
      Transaction Summary
      ================================================================================
  • inkscape のインストール
  • ================================================================================
     Package              Arch       Version                 Repository        Size
    ================================================================================
    Installing:
     inkscape             i386       0.46-2.el5.1            epel              19 M
    Installing for dependencies:
     ImageMagick-c++      i386       6.2.8.0-4.el5_5.3       slc5-updates     153 k
     ImageMagick-perl     i386       6.2.8.0-4.el5_5.3       slc5-updates     144 k
     cairomm              i386       1.2.4-1.el5             epel              43 k
     gc                   i386       7.1-5.el5               epel             151 k
     glibmm24             i386       2.12.10-1.el5           epel             151 k
     gtkmm24              i386       2.10.10-1.el5           epel             1.1 M
     libsigc++20          i386       2.0.18-1.el5            epel              50 k
     numpy                i386       1.0.4-1                 slc5-os          3.4 M
     perl-Parse-Yapp      noarch     1.05-36.el5.1           epel              47 k
     perl-XML-DOM         noarch     1.44-2.el5              epel             138 k
     perl-XML-RegExp      noarch     0.03-2.el5              epel             8.2 k
     perl-XML-XQL         noarch     0.68-4.el5              epel             109 k
     plotutils            i386       2.5-5.el5               epel             1.5 M
     pstoedit             i386       3.45-2.el5              epel             447 k
     python-lxml          i386       2.0.11-1.el5            epel             1.7 M
    
    Transaction Summary
    ================================================================================
  • samba のインストール
  • 最低限の設定をした。 参考 : Samba:Sambaをインストールして、みんなのパソコンからファイルを共有する。

  • ================================================================================
     Package      Arch        Version                     Repository           Size
    ================================================================================
    Installing:
     samba        i386        3.0.33-3.29.el5_5.1         slc5-updates         16 M
    Installing for dependencies:
     dmapi        i386        2.2.8-1.sl5                 slc5-os              45 k
    
    Transaction Summary
    ================================================================================
  • root@kr koba]# pdbedit -a -u koba
    new password:
    retype new password:
    Unix username:        koba
    NT username:          
    Account Flags:        [U          ]
    User SID:             S-1-5-21-2660944716-3583374626-1362895224-1000
    Primary Group SID:    S-1-5-21-2660944716-3583374626-1362895224-513
    Full Name:            
    Home Directory:       \\kr\koba
    HomeDir Drive:        
    Logon Script:         
    Profile Path:         \\kr\koba\profile
    Domain:               KR
    Account desc:         
    Workstations:         
    Munged dial:          
    Logon time:           0
    Logoff time:          never
    Kickoff time:         never
    Password last set:    木, 10  2月 2011 02:33:11 JST
    Password can change:  木, 10  2月 2011 02:33:11 JST
    Password must change: never
    Last bad password   : 0
    Bad password count  : 0
    Logon hours         : FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF
    • システム > 設定 > SELinux Manegimant

      • Boolean
        • [v] Allow Samba to share users home directories
      • 以下のように変更
      • # emacs  /etc/samba/smb.conf
        workgroup = NAKAMURA-LAB 
  • pdftk のインストール
    • ================================================================================
       Package          Arch            Version                  Repository      Size
      ================================================================================
      Installing:
       pdftk            i386            1.44-1.el5.rf            dag            1.2 M
      
      Transaction Summary
      ================================================================================
      
      
        * cu コマンドを使う
        .{{{
      ================================================================================
       Package         Arch            Version               Repository          Size
      ================================================================================
      Installing:
       uucp            i386            1.07-12               slc5-os            1.0 M
      
      Transaction Summary
      ================================================================================
    • apache インストール
    • =====================================================================================
       Package          Arch            Version                   Repository          Size
      =====================================================================================
      Installing:
       httpd            i386            2.2.3-45.el5              slc5-os            1.2 M
      
      Transaction Summary
      =====================================================================================
    • php インストール
    • =====================================================================================
       Package             Arch          Version                    Repository        Size
      =====================================================================================
      Installing:
       php                 i386          5.1.6-27.el5_5.3           slc5-os          2.3 M
      Installing for dependencies:
       php-cli             i386          5.1.6-27.el5_5.3           slc5-os          2.1 M
       php-common          i386          5.1.6-27.el5_5.3           slc5-os          153 k
      
      Transaction Summary
      =====================================================================================
  • ユーザーアカウントの作成とパスワードの設定
  • [root@host ~]# adduser koba
    [root@host ~]# passwd koba
    Which password do you want to change?
    
            a - AFS [default]
            u - local UNIX
    
    Enter the appropriate letter or hit Return for the default: u
    Changing password for user koba.
    New UNIX password:
    Retype new UNIX password:
    passwd: all authentication tokens updated successfully.
  • VMware Player をインストール
  • VMware Player (32 ビット版 Linux 用)
    11/18/10  |  3.1.3  |  103 MB  |  バイナリ (.bundle)
    • Vmware Player インストーラの実行
    • # sh VMware-Player-3.1.3-324285.i386.bundle
    • Would you like to check for product updates on startup?
      • Yes

      • No

    • Would you like to help make VMware software better by sending anoymous system data and usage statiscics to VMware?
      • Yes

      • No

  • マウント用のディレクトリを作成後、/etc/fstab を以下のように編集
    • # mkdir /exp /exp/dayone /exp/sunday
    • /etc/fstab
    • /dev/md2                /                       ext3    defaults        1 1
      /dev/md0                /boot                   ext3    defaults        1 2
      tmpfs                   /dev/shm                tmpfs   defaults        0 0
      devpts                  /dev/pts                devpts  gid=5,mode=620  0 0
      sysfs                   /sys                    sysfs   defaults        0 0
      proc                    /proc                   proc    defaults        0 0
      /dev/md1                swap                    swap    defaults        0 0
      /dev/sdc1               /exp/dayone             ext3    defaults        1 1
      /dev/sdd1               /exp/sunday             ext3    defaults        1 1
  • NFS の設定
    • /etc/expots でファイルを設定
    • /exp/dayone    192.168.1.0/255.255.255.0(ro)
      /exp/sunday    192.168.1.0/255.255.255.0(ro)
    • /etc/sysconfig/nfs で以下のコメントアウトを外す
    • MOUNTD_PORT=892
    • ファイアーウォールの設定
      • システム > 管理 > セキュリティレベルとファイアーウォールの管理

      • ファイアーウォールのオプション(F) で NFS4 を追加

      • その他のポートで 111 tcp, 111 udp, 892 tcp, 892 udp を追加
    • portmap というサービスを起動してから、 NFS のサービスを実行。参考: NFS mountで「can't read superblock」が出たとき

    • # /etc/init.d/portmap restart
      portmap を停止中:                                          [  OK  ]
      portmap を起動中:                                          [  OK  ]
      # /etc/init.d/nfs start
      NFS mountd を終了中:                                       [  OK  ]
      NFS デーモンを終了中:                                      [  OK  ]
      NFS quotas を終了中:                                       [  OK  ]
      NFS サービスを終了中:                                      [  OK  ]
      NFS サービスを起動中:                                      [  OK  ]
      NFS クォータを起動中:                                      [  OK  ]
      NFS デーモンを起動中:                                      [  OK  ]
      NFS mountd を起動中:                                       [  OK  ]
    • NFS のサービスが起動時に自動的に実行されるようにする
    • # /sbin/chkconfig --list nfs
      nfs             0:off   1:off   2:off   3:off   4:off   5:off   6:off
      # /sbin/chkconfig nfs on
      # /sbin/chkconfig --list nfs
      nfs             0:off   1:off   2:on    3:on    4:on    5:on    6:off
    • 適当なディレクトリを作り、マウント
    • $ mkdir tmp
      $ su
      # mount -t nfs al:/exp/dayone tmp
  • 日本語入力切り替えを Crtl+Space から Alt+Space または Alt+~ で切り替えできるようにする。

    • SCIM を Crtl+Space などで表示
    • "コマンドメニューを表示" > SCIM を設定

    • フロントエンド > 全体設定 > ホットキー > [...] ボタン

    • Crtl+Space を削除し、Alt+Space と Alt+~ を追加

  • キーボードの設定 > レイアウト > 追加 で U.S. English を追加

  • U.S. English international (with dead keys) を削除
  • 一時的にビープ音を消す。参考 : 宮原さん - Linux HOWTO

  •  $ xset b off
  • ビープ音を常に消す。
    • システム > 設定 > サウンド > ビープ音タブ > システムのビープ音を有効にする(E) のチェックを外す

  • shell を csh にする
  •  > chsh
    Changing shell for koba.
    パスワード:
    New shell [/bin/bash]: /bin/csh
    Shell changed.
  • プリンタを設定
    • 端末で su になり、system-config-printer でプリンタの設定ウィンドウが立ち上がる。
    • [新規プリンタ]をクリック
    • プリンタ追加
      • 名前: 必須 (自分で決められるが、英数字小文字が良い。例: lpt1 など。この名前は、印刷するときに $ lpr -P lpt1 のように使う。)
      • 場所: なくてもよい
      • 説明: なくてもよい
    • デバイス
      • LPD/LPR Host or Printer
    • LPD ネットワークプリンタの場所
      • ホスト名: IPを指定(プリンタに張ってある)
      • プリンタ名: なし
    • データベースからプリンタドライバを選択
      • 製造元: Generic
    • モデル: postscript printer
    • ドライバ: postscript.ppd.gz
    • メーカ名: Raw, モデル名: Raw Queue(en)でも大丈夫?(試してない)
    • おわり。
  • ANAPAW 設定
    • ディレクトリ作成
    • $ cd
      $ cp /sunday/sunday/.cshrc ./
      $ csh
      $ mkdir src exp exp/sunday exp/sunday/users
      
      $HOME/exp/sunday ディレクトリにユーザーソースを展開
      $HOME/src ディレクトリに ANAPAW 本体ソースを展開
      
      $ analogin koba
  • NVIDIA のドライバ
    • グラフィックカード(nVidia)のバージョンをチェック
    • $ /sbin/lspci
      01:00.0 VGA compatible controller: nVidia Corporation GT218 [GeForce 210] (rev a2)
    • ここ からドライバをダウンロード

      • 製品のタイプ: GeForce

      • 製品シリーズ: GeForce 200 Serise

      • 製品ファミリー: GeForce 210

      • オペレーティングシステム: Linux 32-bit
      • 言語: Japanese
    • Linux (Fedora 12/11) で NVidia ドライバのインストール を参考に、X を 終了

    • $ /sbin/telinit 3
    • Ctrl+Alt+F6 とかでコンソールを移動し su ユーザーになり、NVIDIA-Linux-x86-256.53.run を実行
    • $ su
      # sh NVIDIA-Linux-x86-256.53.run
      後はメッセージ従う
    • 再起動(必要ある?)
    • # reboot
    • ログイン後、端末よりで su ユーザーになり、 NVIDIA X Server Settings を起動
      • $ su
        # nvidia-settings
    • X Server Display Configuration より、デュアルディスプレイの設定にする
      • Model: IODATA LCD-AD221X (DFP-0 on GPU-0)
        • Configuration: TwinView

        • Resolution: 1680x1050
        • Position: Absolute +0+0
        • [v] Make thie the primary display for the X screen
          • これをチェックすると GNOME パネルがここに来る。Apply しただけではうまくいかなかったかも。[Save to X Configuration File] ボタンを押す。
      • Model: Sony SDM-S95D/F/N (CRT-1 on GPU-0)
        • Configuration: TwinView

        • Resolution: Auto
        • Position: Right of Sony SDM-S95D/F/N
        • [ ] Make thie the primary display for the X screen
    • [Save to X Configuration File] ボタンを押して終了
    • ログアウトしてログインすれば、設定が反映
  • kobahe ユーザーを作り、前の PC のデータをバックアップ
  • $ su kobahe
    $ cd
    $ rsync -auvnz -e ssh koba@he:/home/koba/ ./
    $ rsync -auvz -e ssh koba@he:/home/koba/ ./
  • さらに、update のオプションを外し、2011/01/28 にまた rsync 。he 上でやったガンマ線の解析(バックグランドを引いたり、エフィシエンシーを出したり、γブランチの断面積を出したり)のデータを反映させる為。新PCで dayone の ANAPAW が動くようなので、過去の PC から完全に移行しようと思う。
  • $ su kobahe
    $ cd
    $ rsync -avnz -e ssh koba@he:/home/koba/ ./
    $ rsync -avz -e ssh koba@he:/home/koba/ ./

SSHFS を使う (Scientific Linux 5.4)

[アプリケーション] → [アプリケーションの追加と削除] からパッケージマネージャを実行。[ブラウズ(B)] タブの SL Addons の FUSE をチェックし、 [適用(A)] をクリック。 [オプションパッケージ(O)] は特にいじらない。これで、fuse-smb, fuse-sshfs パッケージがインストールされる。インストール後は以下のように、端末でスーパーユーザーになったのち、sshfsでマウントを許可するユーザー username をfuseグループに追加する。追加したら、ログインしなおす。これで、sshfs コマンドを用いることができる。コマンドについては、 マニュアルを参照($ man sshfs)。

$ su
パスワード: ルートのパスワードを入力
# /usr/sbin/usermod -G fuse username
# cat /etc/group # 確認
...
fuse:x:グループID:username
# exit
$ #ログインし直すと、sshfs コマンドが使える。

Scientific Linux 5.2 インストール

Pieterさんから貰ったGeat4のプログラムを動かすために、 VMware Player を使って he に Scientific Linux 5.2 (SL-52-062608-i386-DVD.iso) をインストール。

  • 1ページ目: 言語
    • 日本語 (日本語)
  • 2ページ目: キーボード
    • 日本語
  • 3ページ目: パーティション設定
    • 選択したドライブ定のlinuxパーティションを削除してデフォルトのレイアウトを作成します
    • 「パーティションレイアウトの再確認と変更(V)」にはチェックせず
    • /dev/sda の パーティションを本当に削除しますか? -> はい(Y)

  • 4ページ目: ネットワーク
    • ネットワークデバイスはデフォルト。起動時にアクティブ: checked,デバイス: eth0, IPv4/ネットマスク: DHCP, IPv6 /プレフィックス:Auto。
    • ホスト名, ホスト名を設定: 「DHCP経由で自動設定(A)」にチェック
  • 5ページ目: 時刻
    • アジア/東京
    • システムクロックでUTCを使用(S)
  • 6ページ目: Root パスワード
    • 仮想マシンを起動している he の root と同じ
  • 7ページ目: インストールするソフトウェアセット
    • GNOME Desktop
    • オフィスとプロダクティビティ
    • ソフトウェア開発 (no default)
    • 「後でカスタマイズする(I)」にチェック
  • 8ページ目: 最終画面
    • [次] をクリックするとScientific Linux. のインストールを開始します。
    • インストール作業の完全なログは、システムを再起動した後に /root/install.logファイルの中で見ることが出来ます。
    • 選択したインストールオプションを含むキックスタートファイルは、システムの再起動後、/rootanaconda-ks.cfgファイルの中にあります。

再起動後

  • 1ページ目: ようこそ
  • 2ページ目: ファイアウォール
    • ファイアウォール: 有効
    • SSH
    • Samba (no default)
  • 3ページ目: SELinux
    • SELinux設定: Enforcing
  • 4ページ目: 日付と時刻
    • ネットワークタイムプロトコルタブ
      • ネットワークタイムプロトコル (ntp) を有効にする (E)
        • ns.riken.go.jp を追加したが接続できずkoba
      • 高度なオプションはデフォルト。
        • 「サービス開始前にシステムクロックを同期する (S)」にチェック無し。
        • 「ローカルタイムソースを使用 (L)」にチェック有り。
  • 5ページ目: ユーザーの作成
    • ユーザー名(U): koba
    • フルネーム(E): Nobuyuki Kobayashi
    • パスワード(P): ●●●●●●●●
    • パスワードの確認(M): ●●●●●●
    • 「ネットワークログインを使用する(L)」は使用しない
  • 6ページ目: サウンドカード
    • 選択したカード
      • ベンダー: Ensoniq
      • モデル: ES1371[AudioPCI-97]
      • モジュール: snd-ens1371
    • サウンドテスト -> OK

    • デバイス設定
      • PCMデバイス: ES1371 DAC2/ADC

Scientific Linux 起動後

  • yum install emacs
    • -> emacs, emacs-common, giflib

RIBF クラスタ

ログイン元とログイン先のシェルのロケールが違うと、文字化けする。.bashrc に以下の行を加えれば良い。

export LANG=ja_JP.eucJP

ロケールがわからない場合はログインしない状態で、$ locale コマンドによってロケールを確認後、ログイン先で $ LANG=ja_JP.eucJP などと打つ。

[koba@he ~]$ locale
LANG=ja_JP.eucJP
LC_CTYPE="ja_JP.eucJP"
LC_NUMERIC="ja_JP.eucJP"
LC_TIME="ja_JP.eucJP"
LC_COLLATE="ja_JP.eucJP"
LC_MONETARY="ja_JP.eucJP"
LC_MESSAGES="ja_JP.eucJP"
LC_PAPER="ja_JP.eucJP"
LC_NAME="ja_JP.eucJP"
LC_ADDRESS="ja_JP.eucJP"
LC_TELEPHONE="ja_JP.eucJP"
LC_MEASUREMENT="ja_JP.eucJP"
LC_IDENTIFICATION="ja_JP.eucJP"
LC_ALL=
[koba@he ~]$ ssh nkobayas@ribf00.riken.jp
[nkobayas@ribf00 ~]$ locale
LANG=ja_JP.UTF-8
LC_CTYPE="ja_JP.UTF-8"
LC_NUMERIC="ja_JP.UTF-8"
LC_TIME="ja_JP.UTF-8"
LC_COLLATE="ja_JP.UTF-8"
LC_MONETARY="ja_JP.UTF-8"
LC_MESSAGES="ja_JP.UTF-8"
LC_PAPER="ja_JP.UTF-8"
LC_NAME="ja_JP.UTF-8"
LC_ADDRESS="ja_JP.UTF-8"
LC_TELEPHONE="ja_JP.UTF-8"
LC_MEASUREMENT="ja_JP.UTF-8"
LC_IDENTIFICATION="ja_JP.UTF-8"
LC_ALL=
[nkobayas@ribf00 ~]$ LANG=ja_JP.eucJP
[nkobayas@ribf00 ~]$ locale
LANG=ja_JP.eucJP
LC_CTYPE="ja_JP.eucJP"
LC_NUMERIC="ja_JP.eucJP"
LC_TIME="ja_JP.eucJP"
LC_COLLATE="ja_JP.eucJP"
LC_MONETARY="ja_JP.eucJP"
LC_MESSAGES="ja_JP.eucJP"
LC_PAPER="ja_JP.eucJP"
LC_NAME="ja_JP.eucJP"
LC_ADDRESS="ja_JP.eucJP"
LC_TELEPHONE="ja_JP.eucJP"
LC_MEASUREMENT="ja_JP.eucJP"
LC_IDENTIFICATION="ja_JP.eucJP"
LC_ALL=

Scientific Linux 5.1 (Boron)

  • Kernel 2.6.12-53.1.4.el5 on an i686
  • Emacs を立ち上げとき、以下のメッセージを吐き、文字化けする。
  • [sunday@ss ~]$ emacs
    Warning: Cannot convert string "-*-courier-medium-r-*-*-*-120-*-*-*-*-iso8859-*" to type FontStruct
    Warning: Cannot convert string "-*-helvetica-medium-r-*--*-120-*-*-*-*-iso8859-1" to type FontStruct
  • また、ANAPAW を他のコンピュータにログインし、 X を飛ばして起動しても、以下のエラーが出る。
  • ANAPAW> null 0 10 0 10
     ***** ERROR in IKFNTX : X11 fonts not available
    
     *** Break *** Segmentation violation
     Traceq lun = 0, level = 99
    
     TRACEQ.  In-line trace-back still not available.
     Longjump
  • フォントがインストールされていないときのエラー?クライアント側で、yum install xorg-x11-fonts* とする。 /etc/X11/xorg.conf に以下の行を追加したが、必要なかったかも?
  • Section "Files"
            FontPath "/usr/share/X11/fonts/local/"
            FontPath "/usr/share/X11/fonts/misc/"
            FontPath "/usr/share/X11/fonts/75dpi/:unscaled"
            FontPath "/usr/share/X11/fonts/100dpi/:unscaled"
            FontPath "/usr/share/X11/fonts/Type1/"
            FontPath "/usr/share/X11/fonts/Speedo/"
            FontPath "/usr/share/X11/fonts/75dpi/"
            FontPath "/usr/share/X11/fonts/100dpi/"
    EndSection
  • Windows + putty + Xming がクライアントの場合は、xming の font を入れないとこのエラーが出るらしい。(石井君 Thanks!)